Attraverso esercizi a corpo libero o con attrezzi specifici il Pilates applicato alla fisioterapia permette di migliorare la capacità di percepire il proprio corpo e i suoi movimenti, di individuare dinamiche posturali scorrette e di prevenire e combattere squilibri muscolari spesso causa dell'insorgenza del dolore.
Acquisire consapevolezza del proprio corpo permette di attuare strategie motorie di auto-correzione sia durante l'attività fisica sia nella quotidianità.
I principali campi di applicazione del metodo sono la traumatologia, l'ortopedia, i disequilibri posturali, oltre che l'ambito preventivo e quello sportivo, dove la ripetizione del "gesto tecnico" causa spesso scompensi muscolo-scheletrici.